CSS と JavaScript を圧縮できる YUI Compressor を WebStorm / PhpStorm から使う方法です。
1つ前の WebStorm / PhpStorm で Sass をコンパイルする で、コマンド入れて何かできるんならこれもできるかもなーと思ったのでやってみたら上手くいったのでついでに書いておきます。

まず、Java がインストールされていたら YUI Compressor をダウンロードして、適当な場所に展開します。ダウンロードは以下のリンクからどうぞ。

YUI Compressor

前回と同じように Settings > External Tools と進んで、[Add] ボタンをクリック。
ダイアログが出てくるので、そこに入力していきます。

Program の欄には、java.exe へのパスを入力。自分の場合はこれでした。

C:\Program Files\Java\jre6\bin\java.exe

次は Parameters ですね。
YUI Compressor のページを参考に、こんな感じで書きます。変換するファイルのパスとかは前回と同じように指定します。
(これは CSS の場合)

-jar yuicompressor-2.4.7.jar "$FilePath$" -o "$FileDir$\$FileNameWithoutExtension$.min.css" --charset utf-8

YUI Compressor のバージョンは自分の環境に合わせてください。あと、オプションや圧縮後のファイル名も好きなようにつければいいと思います。

Working Directory は YUI Compressor のある場所を指定します。
まあ好きな場所に置いとけばいいと思います。

C:\YUI\yuicompressor\build

あとはファイルを選んでツールを選択すれば OK です。

以上と同様のやり方で Closure Compiler や CSS Lint、JSHint なんかも実行できます。